Müzenin ilk tohumları 1958 yılında Amerikalı gazeteci-dalgıç  Peter Trockmorton  tarafından atılmış ve onun uğraşları sonucu bugün Sualtı arkeolojisinin babası sayılan George F.Bass  bilimsel Sualtı Arkeolojisiyle ilgilenmeye başlamıştır. Tockmorton’un kale ile ilgili fikirlerini ise bir müze fikrine dönüştüren İzmir Arkeoloji Müzesi Müdürü Hakkı Gültekin olmuştur..
Gültekin müze düşüncesini Ankara’ya açarak ilk adımların atılmasını sağlamıştır…
Türk hükümeti 195 yılında, terkedilmiş bir hapishane olarak işlev gören Bodrum Kalesinin  geliştirilmesi için ilk kez 50 USD kaynak sağlamış ve yerel yönetime bu kaynağı aktarmıştır
Süngerciler tarafından tesadüfen bulunan ve depolarda saklanan amforalar ile  Kaptan Kemal Aras, Peter Trockmorton, Mustafa Kapkın ve Honor Frost  gibi kıyılardaki batıkları ilk kez keşfeden öncülerin (ki bunlar aynı zamanda sualtı arkeolojisinin de öncüleri sayılabilir) denizaltından çıkardıkları buluntuların sergilenmesi için ilk çalışmalar başlatılmış oldu ve  Fransız ile İtalyan kulesi arasındaki güzel tonuzlu kubbeli salon Şövalyeler Salonu adlandırılarak yapılan restorasyonla sergileme alanı olarak kullanılmaya başlandı…
Bu ilk adımların ve gönüllü çalışmaların meyvesi 1961 yılında Türk hükümetinin resmi emriyle , Bodrum müzesi Kültür Bakanlığının kontrolünde ve İlk müze müdürü Haluk Elbe’nin yönetmenliğe  getirilmesi ile alınmış oldu…1961 ve 1973 yıllarında Müzeyi yöneten Haluk Elbe, kalenin yıkılmış olan güney duvarlarını, Osmanlılar tarafından camiye dönüştürülen şapeli tamir ettirdi…
Müzedeki  ilk sergilemenin  açılması  bu şapelde gerçekleşti… Bodrum yarımadası yakınlarındaki Dirmil”den getirilen Miken periyoduna ait bir koleksiyon şapelde sergilendi ve müzenin halkla  ilk randevusu gerçekleşmiş oldu…
Yine bu yıllarda şövalyeler salonu iyice restore edildi  ve Karia ile Klasik dönem koleksiyonlarının sergilendiği bir salon haline geldi.Bu arada denizden çıkarılan buluntular da bu binanı batısında sergilenmeye devam edildi…Haluk Elbe aynı zaman içerisinde kalenin yeşillendirilmesi de çalıştı ve bir çok ağaç ve bitkiyi kaleye kazandırdı… Bugün kalenin girişindeki resim galerisi onun bu başarılı çalışmalarının anısına, ismiyle anılmaktadır.
Haluk Elbe’nin ayrılmasından sonra müze Nurettin yardımcı (1973-75) ve İlhan  Akşit (1976-1978)   tarafından yönetildi ancak  ingliiz kulesinin onarımı dışında kayda dair bir gelişme bu dönemde rastlanılmadı.
Oğuz Alpözen 1971 e kadar usta dalgıç olarak, Türk Hükümeti’nin gözlemcisi olarak yapılan sualtı kazılarına katılmış ve Bodrum Müzesine müdür olarak atandığı andan itibaren emekli olana dek  Bodrum Müzesi’ni gerçek anlamda bir Sualtı Arkeoloji Müzesine dönüştürmek için canla başla çalışmıştır.
1978 yılında  müze müdürlüğüne getirilen Oğuz Alpözen kalenin müzeye çevrilmesi esnasında yani 1962 yılından bu yana bir arkeoloji öğrencisi olarak , gönüllü olarak ve daha sonra Prof. Dr. George Bass tarafından yapılan tüm sualtı kazılarına katılımcı olarak girmiş ve müzenin kurulduğu yıllardan 2005 yılına kadar müze hizmetinde yer almıştır…
İngiliz kulesinin onarımına  kaldığı yerden 1978 de müdür olarak atanan Oğuz Alpözen tarafından devam edildi…
Sualtı Arkeolojisine gönül veren biri olarak Haluk Elbe’nin kaldığı yerden restorasyon ve güzelleştirme çalışmalarına başlayan Oğuz Alpözen sulatından çıkarılan buluntuların sergilenmesi için yeni alanlar yaratmaya başladı… İngiliz kulesinin onarımına  hız verildi…

Müzedeki olumlu gelişmeler yönetimi  Teksas A.M. Üniversitesinin bir kuruluşu olan INA (Institute of Nautical Archaeology)  ile daha bir yakın çalışmaya sevketti… Akademik ve finansal olarak  sağlanan katkılarla Bodrum müzesinin  dünyadaki Sualtı arkeoloji kazılarının bir mihenk taşı olmasını da sağlamış oldu…
INA’nın bulgularıyla oluşturulan “Uluburun Batığı Sergisi” ki dünyanın halen bilinen en eski batığıdır”  yalnızca küçük bir profesyonel çevrenin ilgisi yerine dünya basınının özellikle National Geographic”in geniş yayınlarıyla  müzenin herkesin ilgi odağı haline gelmesini sağlamıştır…
1989 yılında bir inşaat kazısı sırasında ortaya çıkan ve Hekatomnid ailesinden gelen Kraliçe Ada’nın  (Mausolos’un kızkardeşi) lahdinin bulunması ve daha sonra bu buluntunun içindeki iskeletin etlendirilerek Kraliçe Ada salonunda sergilenmeye açılması  büyük yankılar uyandırdı…
Yine 1993 yılında İngiliz Kulesi önündeki temel kazıları sırasında bulunan köle esirlerin veya mahkumların kemiklerden esinlenilerek geliştirilen  Zindan sergilemesi açıldı… Kalenin bir zamanlar hastane, hapishane olarak kullanıldığını bilmekteyiz…
Kalenin bir dönem hapishane olarak kullanıldığını başarılı bir şekilde sergileyen Zindan, isimsiz kurbanların o dönemlerdeki hapis yaşamları gözler önüne sermekteydi. Bu bölüm
ziyaretçiler tarafından insanları geçmişe götüren ve duygulandıran en önemli yerlerden biri olarak nitelenmektedir.
Müzenin sergilenen eserleri ilgili tarihlerdeki yaşam koşullarıyla sergilenmesi, Bodrum Müzesi’nin neredeyse ana fikridir…
Müzenin yalnızca tahsilli kişilerce anlaşılması ve gezilmesi yerine yaşayan müzecilik kavramıyla bağdaştırılması  ve çok geniş kitlelerin ilgi alanı çekim merkezi olması gerekliliği düşüncesiyle (faaliyetleri sergi alanlarının çevresi ile birlikte bir bütün olarak )
oluşturulan çevre ve sergiler nedeniyle Bodrum Sualtı Arkeoloji müzesi Sualtı konusundaki dünyadaki en önemli müzelerden biridir.
1995 yılında Avrupa”da Yılın Müzesi yarışmasında 44 müze arasından 12 finalist arasında yer almayı başaran Bodrum Müzesi  “Yılın Müzesi Özel Ödülünü” de almayı hak kazanmıştır…
2005 yılına kadar müzeyi başarıyla yöneten Oğuz Alpözen’in emekliye ayrılmasının ardından kale müdürlüğü yine bir sualtı Arkeologu olan ve Bodrum Müzesinde uzun yıllar görev yapan,  müzede özel bir salonda sergilenen Serçe Limanı batığındaki  ekipte dalgıç, sualtı arkeologu olarak ta çalışan Yaşar Yıldız tarafından yönetilmektedir…
Sayfalarımız arasında müzenin bölümlerini gezerken kullandığımız 360 derece fotoğraflar ve yakında kullanacağımız filmlerle birlikte size Bodrum Müzesini birebir yaşatmayı sağlayacağımızı umuyoruz. Ancak bahçesindeki çiçeklerin kokusunu ve Ege denizinin esintilerini burada size yansıtamayacağımız için üzgünüz…
Bodrum Müzesi St. Jean Şövalyeleri’nin inşa ettiği St.Peter kalesi içinde geniş bir alanda yer almaktadır…Bir yandan çeşitli kuleler ve birimler içinde sergilenen geçmiş zaman kalıntalırını gezerken diğer yandan sizi bekleyen yemyeşil ve canlı bir ortamda yaklaşık iki gününüzü geçirebileceğiz zevki bir ortam sunulmaktadır.