Bodrum sualtı Arkeoloji Müzesi, St.Jean Şövolyaleri tarafından inşa edilen St. Peter Kalesi (Bugünkü ismiyle Bodrum Kalesi) içinde yer almaktadır.

Kalenin tüm kuleleri bugün Bodrum Müzesinin bir sergileme alanı olarak hizmettedir. Bunun yanında Serçe Limanı Batığı, Uluburun Batığı gibi bazı özel sergilemeler için kalenin atmosferini bozmayacak yeni yapılar da kale içine inşa edilerek sergileme alanları muhtelif tarihlerde genişletilmiştir.

Pazartesi hariç haftanın hergünü gezilmeye açık olan müze içerisinde Dünyanın bilinen en eski batığı "Uluburun Batığı" da dahil olmak üzere, dünya sualtı arkeolojisinin temellerinin atıldığı sualtı kazılarında ortaya çıkarılan binlerce eşi bulunmaz eser sergilenmektedir.

Kazıların yapılmasında Türk Hükümeti yanında merkezi Bodrum'da bulunan ve Teksas A.M. Üniversitesine bağlı bir kurum olan INA Institue of Nautical Archaoeology büyük bir işbirliği yaşanmış ve bu işbirliğigünümüzde de devam etmektedir.

Web sitesinde sergileme alanlarının birçoğunu yansıtan 360 derecelik
özel iPix fotoğraflar yeralmaktadır.